オーストリアは相次ぐ戦争、チフスの流行、革命の足音と、不安な状況が続き、フランツは疲れ果てていた。彼はエリザベートに救いを求めるが、彼女は自分かゾフィーか、フランツに決断を迫る。そして自分の美しさを武器に人生を生き抜こうと考えたエリザベートは、惜しげもなく金を使い、ますます美貌に磨きをかけるのだった。一方、苦しい生活を強いられている民衆は、皇后への反感を増していった。トートは、反ハプスブルクを唱えるハンガリーの革命家エルマーたちをそそのかし、革命の気運を高めていく。 ついにフランツは、エリザベートのすべての要求を受け入れる。エリザベートはゾフィーとの確執に勝利したのだった。自分の力で生きていく自信をつけたエリザベートの輝くばかりの姿をトートが見つめていた。 1867年、ブタペストで戴冠式が行われ、エリザベートはハンガリー王妃となる。忙しいエリザベートは、幼い皇太子ルドルフを顧みる間もなく、そんな孤独なルドルフにもトートは近付いて行く。 成人したルドルフは、エルマーたちに接触し、ハンガリーの独立運動を推し進める。しかしそれがフランツの知るところとなり、ルドルフの皇位継承は危ういものとなる。絶望したルドルフに近付いたトートは、彼の命を奪ってしまう。 失意のエリザベートは放浪の旅を続けた。そんなエリザベートをフランツが訪ねる。フランツはウィーンに戻るよう懇願するが、もはや二人の心が一つになることはなかった。 1898年、ジュネーブ。トートからナイフを渡されたルキーニが桟橋を行くエリザベートに襲いかかる。その瞬間、トートの存在に気付いたエリザベートは、その愛を受け入れるべく、ルキーニに向き直る。ナイフは左胸を刺した。トートはエリザベートを情熱的に抱きしめ、二人は天空へと昇っていくのだった。