19世紀末。ヨーロッパ随一の美貌を謳われた、オーストリア＝ハンガリー帝国皇妃エリザベートが、イタリア人アナーキスト、ルイジ・ルキーニに殺害された。ルキーニは独房で自殺を図る。

　煉獄の裁判所では、犯罪行為から100年も経ったにも拘わらず、暗殺者ルキーニを未だ尋問している。ルキーニは、エリザベートは死と恋仲だった、エリザベート自身が死を望んでいたと主張する。そして、それを証明するため、エリザベートと 同時代を生きた人々を霊廟から呼び起こす。黄泉の帝王トート（死）が現れ、自らの皇后への愛を告白する。

　時代は1853年に遡る。少女のエリザベートはバイエルン王女として自由を謳歌していた。ある時、綱渡りに挑戦しようと したエリザベートは、ロープから落ち、意識不明となる。冥界に迷い込んだエリザベートにトートは一目で惹き付けられる。トートはエリザベートに生命を返してやる。そしてその愛を得ようと、彼女を追い続ける決意をする。こうしてエリザベートを巡る愛と死の輪舞が始まった。

　ウィーンの宮廷では、若き皇帝フランツ・ヨーゼフが母親である皇太后ゾフィーの助言と指示のもと、広大な国を治めていた。ゾフィーはフランツと彼のいとこのヘレネとの結婚を望み、見合いを計画する。しかし、フランツが見初めたのは妹のエリザベートだった。

　1854年、ウィーンで二人の結婚式が行われる。まだ若く子供っぽい新皇后に呆れと不満を漏らす人々。そんな周囲の思惑をよそに、ワルツを踊る二人。トートは嫉妬を感じつつ二人を見つめ、ついにエリザベートに話しかける、「最後のダンスは俺のものだ」と。

　古いしきたりと皇后としての務めをゾフィーに押し付けられたエリザベートはフランツに助けを求める。しかし彼は取り合おうとはしなかった。失望したエリザベートにトートは近付くが、エリザベートは屈しなかった。結婚2年目に生まれた子供さえ、ゾフィーに取り上げられたエリザベートは、ゾフィーへの憎悪の念を募らせていく。